西暦2384年――。
人類は銀河へ進出し、新天地を求めて星々を開拓していた。だがその先で待っていたのは、異星生命体 〈虚無種（ヴォイド）〉 との熾烈な戦争だった。

地球連邦軍所属のエースパイロット アリシア・ヴァレンタイン大尉 は、最前線の第7機動艦隊に配属され、最新鋭試作機 ヴァルキリア を与えられる。
次々と押し寄せる虚無種との死闘の中で、彼女は軍人としての使命と、人間としての心を試されていく。

やがて、ヴァルキリアの奥深くに隠された“真の機能”と、戦争の背後に潜む人類の闇が明らかになる――。

「軍人としての誇りか、人間としての自由か」
アリシアは選択を迫られる。